温室养殖与外塘养殖均离不开微生物的利用，温室在暗光条件下完成养殖生产，水体中累计的残饵与粪便需微生物作为分解者进一步降解；外塘养殖水体，不但需要藻类作为生产者，同样需补充微生物加强残饵与粪便的分级。微生物制剂利用水环境中过多的有机物合成菌体物质，从而降低环境中氨氮、亚硝酸氮、硫化氢等有害物质含量，净化养殖水环境。目前使用的微生物制剂：光合细菌、芽孢杆菌复合菌、硝化细菌、EM菌等。
光合细菌(PSB，photosynthetic bacteria)为革兰氏阴性细菌，可以在有光无氧的条件下生长、繁殖，也可在无光有氧的条件下生长。有光时菌体能利用光能，以硫化氢和有机物作为氢供体，以二氧化碳或有机物作为碳源而生长发育。当环境是有氧无光时，菌体则可以通过有氧呼吸，使有机物氧化，从中获取能量。投放光合细菌，对生物耗氧的去除率可达40.1% ，氨氮的去除率可达54%。
芽孢杆菌(Bacillus)是一种能形成芽孢的杆菌或球菌，其具有稳定性好、抗性强、代谢快、繁殖快等特点。具较强的抵抗力，是一种常用的微生态制剂，广泛用于水产养殖业中水质的改善。在养鱼水中加入芽孢菌，证明芽孢菌具有降解水中亚硝酸盐含量的作用，其最适使用浓度为1.5×108个/m3。芽孢杆菌作为常用菌剂，其商品多以芽孢形态存在，使用前需配合发酵底物活化后使用。芽孢杆菌亦可作为内服制剂，有效预防水产动物肠炎，烂鳃等疾病。分泌大量几丁质酶的功能，几丁质酶可分解病原真菌的细胞壁而抑制真菌病害。小肠内不增殖，在肠道的上段迅速发展成具有新陈代谢作用的营养型细胞，参与菌群的平衡调节；提高短链脂肪酸的含量，降低肠道的pH 值及氨的浓度。
EM菌是采用适当的比例和独特的发酵工艺将筛选出来的有益微生物混合培养，形成复合的微生物群落，并形成有益物质及其分泌物质，通过共生增殖关系组成了复杂而又相对稳定的微生态系统。EM 菌由光合细菌、乳酸菌、酵母菌等5科10属80余种有益菌种复合培养而成，其具有结构复杂、性能稳定、改善生态环境、提高成活率等优点。在我国，EM 菌已广泛用于改善养殖水质EM 菌能促进COD、BOD的分解，降低氨氮，亚硝酸盐，硫化氢含量。
硝化细菌是一类不需要有机物就能生存及繁衍的细菌，首先，亚硝化菌属细菌把水中的氨(NH3)氧化成为亚硝酸离子(NO2-)，并从中获得生存所需要的能量，再从二氧化碳或碳酸氢根离子。出处：田工 浙江金甲专做龟鳖饲料
